1988年12月，经国务院批准，设立杭州海关驻湖州办事处。1991年，批准设立湖州海关，正处级，隶属杭州海关。1991年10月14日，湖州海关正式成立。目前，湖州海关内设机构有15个科室，即办公室、综合业务一科、综合业务二科、税收管理科、监管一科、监管二科、监管三科、统计督查科、保税监管一科、保税监管二科、企管科、稽查科、财务科、科技科、人事政工科，另有安吉办事处和德清办事处，以及缉私科。同时还有党支部、工会、团支部、学会小组等组织。关区范围包括湖州市行政区划全境（三县两区）。具体为德清县、安吉县、长兴县及吴兴区、南浔区。依法承担辖区范围内进出境货物物品监管、征收关税及其他税费、查缉走私、编制海关统计及办理其他海关业务。